V roce 2008 bylo v Třeboni po padesáti letech obnoveno historické muzeum. Město Třeboň poskytlo pro muzejní účely celé první patro historické radniční budovy na náměstí včetně místnosti ve věži.
Základem se stala galerie obrazů Františka Líbala, Františka Volfa a Jana Kojana, které jsou majetkem města. Pro ni byl vybrán prostřední velký sál se sloupem. V dalších místnostech je instalace fotografií Zmizelé Třeboně, expozice Stará škola a Odkaz středověké Třeboně současnosti. Vystavena je kopie gotické plastiky Třeboňské madony z roku 1400 a kopie obrazů Mistra třeboňského oltáře z let 1380 až 1390.
V expozici je také obraz sv. Jiljí z roku 1690, sv. Barbory z roku 1740 a dřevěná plastika sv. Víta z kaple na Kopečku z konce 18. století. V prostoru věže je instalace měšťanského pokoje ze sbírky nábytku původního třeboňského muzea. Na chodbě jsou vystaveny staré malované terče spolku třeboňských ostrostřelců z konce 18. a počátku 19. století.